Как в pdf изменить сортировку страниц php?

1. Используйте библиотеку, которая умеет импортировать страницы существующего PDF, например FPDI. Генератор HTML в PDF решает другую задачу и не восстанавливает исходные страницы автоматически.
2. Установите FPDI вместе с совместимой основой PDF, например FPDF, согласно документации. Подключите автозагрузку Composer в отдельном обработчике и выберите известный исходный файл.
3. Получите число страниц через setSourceFile. Проверьте список желаемого порядка: номера начинаются с единицы, должны попадать в диапазон документа. Если требуется именно перестановка, а не копирование или удаление, каждый исходный номер должен встретиться ровно один раз.
4. Для каждой позиции импортируйте соответствующую страницу и создавайте страницу результата с её размером и ориентацией. Упрощённая схема после создания $pdf и выбора источника:

foreach ([3, 1, 2] as $number) {
    $template = $pdf->importPage($number);
    $size = $pdf->getTemplateSize($template);
    $pdf->AddPage($size['orientation'], [$size['width'], $size['height']]);
    $pdf->useImportedPage($template);
}
$pdf->Output('F', $outputPath);

5. Сохраняйте результат отдельным файлом. Проверьте права записи и исключения библиотеки, не затирайте исходник до визуальной проверки порядка и размеров страниц.
6. Учитывайте, что импорт создаёт новую структуру документа. Интерактивные формы, цифровые подписи, закладки и некоторые аннотации нельзя считать сохранёнными автоматически. Для таких документов выбирайте средство, которое явно поддерживает требуемые свойства, и проверяйте их отдельно.
7. Откройте полученный PDF и проверьте каждую страницу, особенно если исходник содержит разные размеры или ориентации. Контроль одного количества страниц не подтверждает, что содержание оказалось в нужном порядке.